本作『飼育×彼女』は、拉致した少女・奈津子との奇妙な同居生活を描く飼育シミュレーションゲーム＋アドベンチャー。
奈津子との会話を楽しむ"会話パート"はアドベンチャー形式、彼女を飼育する"飼育パート"は飼育コマンドを駆使するシミュレーション形式で進行。
"愛情度"を高めて奈津子との甘々な同棲生活を楽しむもよし、"従順度"をアップさせ飼い主として彼女を厳しくしつけるのも良し。
また、ゲームの進め方によっては、奈津子のビジュアルが変化していく。 たとえば髪型が変更したり、胸の大きさが成長したり……多彩なプレイが可能！

3年間の"飼育生活"の末に、二人に訪れる結末とは……！？

彼女ともっと親しくなりたいと思いつつも、ただ見守ることだけで満足していた主人公……
だが、そんな日々は突然に終わりを告げる。
奈津子に彼氏ができたのだ！
それだけならまだしも、調べてみるとその男はかなりの遊び人。
その上彼女の気持ちをよそに、ガードの固い奈津子に飽きた男は、友人に好きにさせようとしていることが分かったのだ。

もはや猶予はない――
ある夜、バイト帰りの奈津子を待ち伏せした主人公は、男の本性を暴露し、別れるように必死に説得する。
が、奈津子はただ怖がり気味悪がるだけで、耳を貸そうとしない。
テンパるあまり、頭が真っ白になる主人公……

……ハッと我に返ると、主人公は自分の部屋にいた。

俺はなんてことを……と困惑する主人公。

そうするうち目を覚ました奈津子は、騒ぎ出し逃げ出そうとする。
カッとなった主人公は、"静かにしろ！"と一喝し、ヒモやテープを使って彼女を黙らせる。
ようやく大人しくなった奈津子を前に、自問自答する主人公……

お、俺は一体何をしているんだ……
でも、このまま帰したらあの男に……
そうだ……あんな男に汚されるくらいだったら、俺が……！

……そう、この時の俺は、常軌を逸していたんだ……

こうして、二人きりの奇妙な"飼育生活"が始まったのだった――